À l'arrivée des premiers Européens, la région était peuplée par des Amérindiens, dont les Sioux, les Nez-Percés, les Kootenais, les Cheyennes ou encore les Pieds-Noirs. Parcourue par des trappeurs français au cours du XVIIIe siècle, elle fit partie du territoire de la Louisiane française, puis vendue avec elle, en 1803, aux États-Unis. Elle fut en partie explorée par l'expédition Lewis et Clark, en 1805-1806. En 1807, l'explorateur et négociant en fourrures canadien David Thompson descendit vers le sud jusqu'au lac Flathead, puis remonta jusqu'à Clark Fork pour atteindre le site de l'actuelle Missoula. Le commerce des fourrures devint très actif sur le cours supérieur du Missouri, mais les trappeurs se heurtèrent rapidement à l'hostilité des Pieds-Noirs. En 1828, l'American Fur Company édifia Fort Union. La navigation fluviale depuis Saint Louis constituait le principal contact du Montana avec l'est du pays, jusqu'à ce que la Northern Pacific Railroad atteigne les montagnes en 1883.

La découverte de gisements d'or dans les années 1850-1860 (Bannack, Virginia City) provoqua une immigration massive de prospecteurs et de colons. En 1864, le Montana fut érigé en territoire. Des conflits éclatèrent bientôt entre les colons et les Indiens (1870-1881). Les Indiens opposèrent une vive résistance, symbolisée par la bataille de Little Bighorn en 1876, qui vit la victoire des Sioux sur le général Custer.

Le Montana intégra l'Union le 8 novembre 1889, devenant le quarante et unième État américain. L'extraction minière fit, par la suite, la richesse de l'État. L'économie du Montana fut gravement touchée par la grande crise des années 1930. Mais, en 1940, la construction du barrage de Fort Peck permit l'électrification, l'irrigation, le contrôle des crues et l'amélioration de la navigation vers le cours supérieur du Missouri.