À l’arrivée des premiers Européens, la région du Minnesota était peuplée par des Sioux et des Ojibwés (Chippewas). Elle fut parcourue à partir du milieu du XVIIe siècle par des chasseurs de fourrures français, notamment Médard Chouart des Groseilliers et Pierre Radisson (1655-1659). En 1679, une expédition française fut menée dans le nord du territoire. Un fort fut érigé sur les rives du lac Supérieur et la région revendiquée au nom de la France. Suite au traité de Paris de 1763, le Minnesota fut cédé à l’Angleterre. Celle-ci le céda à son tour aux États-Unis en 1783, à l’issue de la guerre de l’Indépendance. Le commerce de la fourrure, limité aux seuls citoyens américains à partir de 1815, fut dès lors contrôlé par l’American Fur Company de John Jacob Astor.

Au terme de plusieurs traités, les Sioux (1851) puis les Chippewas (1854-1855) cédèrent plus de 11 millions d’hectares de territoire. Dès lors, le flot des colons s’amplifia. La population passa de 5 354 habitants en 1850 à plus de 172 000 en 1860. Le Minnesota intégra l’Union le 11 mai 1858, devenant le trente-deuxième État américain. Malgré une guerre contre les Sioux dans les années 1860, le Minnesota continua à se développer grâce à immigration massive de Suédois, de Norvégiens et de Finlandais. En 1870, il comptait plus de 500 000 habitants. L’essor économique de la région reposa sur la culture du blé, les industries du bois, l’extraction minière et l’élevage. Les industries commencèrent à se diversifier dans les années 1970. En 1993, la région fut durement touchée par des crues dévastatrices du Mississippi.