À l'arrivée des premiers Européens, la région était peuplée de tribus indiennes sédentaires (Wichitas, Pawnees, Kansas, Apaches). Les Espagnols, commandés par Francisco de Coronado, parcoururent la région en 1541. Les Français y organisèrent le commerce de la fourrure de 1682 à 1739. La région fut vendue par Napoléon Bonaparte aux États-Unis, en 1803, en même temps que la Louisiane.

Les premiers explorateurs américains qui y pénétrèrent en 1804 furent Meriwether Lewis et William Clark (expédition Lewis et Clark, 1804-1806).

Le territoire du Kansas fut ouvert aux colons le 30 mai 1854. Des dissensions divisèrent aussitôt ceux-ci : le Kansas allait-il intégrer l'Union comme État esclavagiste ou comme État non esclavagiste ?

Ces divisions persistèrent durant la guerre de Sécession et donnèrent lieu à des affrontements sanglants entre colons esclavagistes et abolitionnistes. Le Kansas intégra finalement l'Union en 1861 en tant qu'État libre (non esclavagiste). Il fut victime des guérillas sudistes pendant la guerre de Sécession. Le développement des chemins de fer (Union Pacific, Santa Fe) dans les années qui suivirent fut à l'origine de la prospérité de l'État. L'empiétement sur les terres indiennes déboucha sur une guerre avec les tribus des Plaines qui dura jusqu'en 1878.

Les chemins de fer favorisèrent la colonisation et permirent le transport du bétail texan vers le nord, jusqu'aux parcs à bestiaux du Kansas. Au cours des années 1870, l'agriculture acquit une nouvelle dimension lorsqu'une variété de blé, résistante aux hivers rigoureux, fut introduite dans l'État.

En 1900, tout le Kansas était colonisé. La mécanisation de la production et la commercialisation des produits firent entrer l'agriculture dans le grand capitalisme américain, au cours du XXe siècle. L'exploitation du sous-sol (énergies fossiles) et l'implantation d'industries nouvelles (aéronautique) permirent à l'économie de se diversifier.